auto immune protocol
- Stefanie Hauser
- May 29
- 14 min read

english
What is the auto immune protocol?
The auto immune protocol, or AIP for short, is an exclusion diet. This means that it is not a long-term form of nutrition. The idea is that you stick very strictly to the protocol for 30-60 days and then reintroduce one food after another into your diet. The aim is to find out which foods trigger the immune system.
Why do you follow the auto immune protocol?
As the name suggests, the aim is to find out which foods trigger the immune system and/or the gut. About 70% of the immune system is located in the gut, which is why healing the bowel makes a lot of sense.
In the so-called elimination phase (the 30-60 days mentioned above), everything that contains artificial sugar, wheat, gluten, pulses, nuts, nightshade plants, dairy products, many spices... all these foods can (but do not have to) put a strain on the immune system or the gut.
Looking for a list of foods that are allowed during AIP?
Here is a nice overview of the foods that are permitted within AIP.
Why did I choose AIP with endometriosis?
Endometriosis is not an auto-immune disease, but it goes in a similar direction. Endo is strongly linked to the immune system. Many people with endometriosis have a compromised immune system because it is constantly busy fighting inflammation. Many endosisters also experience bowel problems aka irritable bowel syndrome*. In addition, many people with endometriosis have another disease linked to the immune system. It therefore makes sense to take good care of the immune system and the gut in the case of endometriosis.
*(Irritable bowel syndrome is an umbrella term for a bowel that is chronically irritated for whatever reason. Flatulence, diarrhoea, constipation, etc. It is important to find out which bowel disease is behind an irritable bowel syndrome).
Experience report
The elimination phase
The only really carbohydrate-rich food you can eat during AIP is the sweet potato. Not gonna lie. The first week I ate far too little because a) I didn't feel like eating that kind of food and b) I was too unprepared. I then managed this much better in the remaining weeks. I never went anywhere without Tupperware boxes containing any kind of AIP-compliant food. I had actual food stocks in my cupboard in the office. It felt like I was in the kitchen every day, cooking or tidying up. And I was constantly shopping. You don't realise how much you have to deal with food when you have to prepare everything (!) yourself. Crazy.
I felt better very quickly. My brain fog was completely gone. For the first time in years. And my bloated belly was gone. The feeling was so indescribably great that I found it relatively easy to stick to the diet. There were always difficult moments, but finally having a normal belly and being able to think more clearly was so incredibly wonderful that I was only too happy to get through them.

I was almost eagerly awaiting my period. I had started AIP shortly after my last menstruation, so I had almost 3 weeks of AIP behind me when my new cycle began. Then came cycle day one, but no pain. Until the evening. That's when it slowly started. And on day 2, I was also forced to take painkillers. BUT: less than usual and from day 3 onwards I was pain-free. What? I could hardly believe it.
All in all, I only had to take about 1/3 of the usual amount of painkillers during this period. It spurred me on enormously to continue with AIP until...
The reintroduction phase
...the day I reintroduced almonds. Yes, almonds are not at the top of the list of the classic AIP reintroduction phase (here's a good guide for the reintroduction phase), but I simply missed my almond milk too much. I had 3 x 3 almonds throughout the day (and of course ate AIP-compliant) and then in the evening I felt my joints in my fingers slightly, but skilfully ignored it.
The next day I poured almond milk into my matcha and was sooo happy to finally be able to drink my almond milk matcha again. But then it slowly started. The brainfog was back so bad, I thought I was going to get really sick. My immune system somehow collapsed. I felt dizzy, could hardly focus, had a bit of a headache and was just incredibly tired.
It was such a familiar feeling and somehow new at the same time (it's strange to realise how I must have always felt like that before AIP and that I only managed to live like that, because I had gotten used to it). My bowels were fine with the almonds, but my immune system said ‘adios’. I then ate almonds for two more days and the feeling of sickness remained. After two days of almond abstinence, I felt better. So, I had to admit that almonds trigger my immune system so much that I would probably have to remove them from my diet. Maybe I cried a little. Maybe. ;-)
Then I introduced egg yolks, which went really well. Then egg whites, then peanuts and then peas. All far too quickly and far too close together. I was just too frustrated with the almonds and didn't want to go back on this restrictive diet, because if one food doesn't work, you have to go back to eating strongly aip-compliant for a few days and only then test the next food.
But I had to give up everything again and start afresh. With egg whites, because I finally wanted a source of protein other than fish. And look what happened. Egg white makes my stomach a little bloated. I accept that eggs in large quantities don't work for me.
But then I integrated peas back into my diet. On day 1, I had slight bloating, which I attributed to the fact that my bowels had to work harder again. On day 2, the same thing happened as with the almonds. Immune system shut down. Great.
The Breakdown
And then something else intervened. My mental health. I've been plagued by mental problems for months and shortly after the pea disaster I reached my low point. So I had to stop AIP at some point.
But: I felt so much better physically with this diet that I didn't want to stop it completely. I really wanted to eat more varied food again, snack on chocolate, meet friends for dinner, etc. and feel good physically at the same time. So I had to find a compromise, because the introduction phase could go on for weeks or even months.
My compromise: I eat almost all spices again (I tested chilli separately because many people react strongly to it. Fortunately, I tolerated it), but for the time being I'm staying away from almonds, gluten and industrial sugar. I will test nightshade plants, potatoes, rice and the like slowly and one after the other.
My conclusion
Would I do AIP again?
Yes. Because I felt so much better and I learnt a lot and can take a lot with me. For example, I didn't realise that I was eating far too few vegetables and fruit and far too many carbohydrates. For others, this may work really well. But it's not ideal for me, my illness and my gut. What's more, I still cook everything almost AIP-compliant. In other words, I eat 80% AIP-compliant food, including the foods that my body tolerates well.
And no. It was very socially isolating for me to eat like that. And it can definitely have an effect on one's mood. Not very beneficial if you're already mentally at the end of your tether anyway, which some people who have endometriosis or another immune system-linked illness may be. Get good counselling, including from specialists.
My tips
1. cook large quantities in advance - namely sweet potatoes and vegetables. Make sure you always have something in the fridge.
2. if, like me, you bloat a lot on cabbage, leave this out too (low fodmap).
3. onion and garlic powder are often more digestible than real onions and garlic.
4. replace chocolate powder with carob powder (can now be found almost everywhere, especially in shops such as Alnatura and co).
5. go to an Asian grocery store and buy sweet potato noodles. Game changer!
6. inform your circle of family and friends and make sure that there are no big social events for the first 2 months or events where you cannot bring your own food (e.g. picnic with friends instead of going to a restaurant).
7. give yourself enough time per food during the re-introduction phase.
8. it helped me to think that I only want to do AIP once and that's why I'm doing it properly now.
9. eat enough protein. Before AIP, I rarely ate fish and no meat at all (apart from homemade bone broth). Since you can't eat pulses and soy, fish and seafood were my only sources of protein. I ate it 1-2 times a day and will definitely keep fish as part of my diet. They contain a lot of omega 3, which counteracts inflammation.
10. ask a friend if he/she will support you, i.e. asks you from time to time how things are going, if you want to have a cup of tea together, etc. I was lucky and one of my closest friends asked me how I was doing almost every day.
Links and recipes
These noodles were my savior (you can find them in Asia stores).

made from sweetpotato starch - you'll find those in asia stores Every time I went grocery shopping, I would buy this chestnut snack. It often saved me.
You can find tigernut flour and flakes at Koro Switzerland (not sponsored haha). Life savers for this banana bread, for example, or a muesli. And: I made milk from the tigernut flakes.
Make fake carob chocolate! Not gonna lie, carob tastes quite different from chocolate, but trust me, when you're knee-deep in the elimination phase, you'll suddenly love it.

the mentioned banana bread with carob "chocolate" o take 2 tablespoons of coconut oil and melt it
o then add 2 tbsp carob powder
o and 1 tbsp maple syrup (and a little salt if desired)
o mix it together
You can drizzle it over toasted banana bread or pour it into small moulds and put them in the fridge so it hardens and you have a kind of fake chocolate chip.
Update from 2 months after AIP
Almonds, even in tiny amounts, still trigger my immune system a lot. I've tried it again and again because I love almonds, but unfortunately the same thing happens every time: dizziness, brain fog, fatigue, etc. I still don't get it and haven't read anything simliar in any other person's experience report. But I trust my body and now avoid almonds.
If I have important appointments, I make sure that I eat completely AIP-compliant food 1-2 days beforehand. Otherwise, I have relaxed my diet again, but I recognise better what is beneficial for me and what is not. I would do AIP again, but with the help of a nutritional psychologist or nutritionist.
Have you also tried AIP or would you like to try it? Feel free to write your feedback, input or questions in the comments.n't get it and haven't read anything simliar in any other person's experience report. But I trust my body and now avoid almonds.
Deutsch
Was ist das Autoimmun Protokoll?
Das Autoimmun Protokoll, kurz AIP, ist eine Ausschluss-Diät. Das bedeutet, dass es keine langanhaltende Ernährungsform ist. Es geht darum, dass man sich 30-60 Tage sehr strickt an das Protokoll hält, um danach 1 Lebensmittel nach dem anderen wieder in die Ernährung einzuführen. So soll man herausfinden können, welche Lebensmittel den Darm und das Immunsystem triggern.
Wieso macht man das Auto Immun Protokoll?
Wie es der Name schon sagt, geht es darum herauszufinden, welche Lebensmittel das Immunsystem und/oder den Darm triggern. ca. 70% des Immunsystems sitzt im Darm, weswegen die Heilung des Darmes sehr viel Sinn macht.
Man lässt in der sogenannten Eliminierungsphase (diese erwähnten 30-60 tage) alles weg was künstlichen Zucker enthält, Weizen, Gluten, Hülsenfrüchte, Nüsse, Nachtschattengewächse, Milchprodukte, viele Gewürze…all diese Lebensmittel können (müssen aber natürlich nicht) das Immunsystem oder den Darm belasten.
Hier eine schöne Übersicht über die Lebensmittel, die innerhalb AIP erlaubt sind.
Wieso habe ich AIP gemacht mit Endometriose?
Endometriose ist keine Auto-Immunerkrankung, aber sie geht in eine ähnliche Richtung. Endo ist stark mit dem Immunsystem verknüpft. Viele Menschen mit Endometriose haben ein angeschlagenes Immunsystem, weil es ständig damit beschäftigt ist, Entzündungen zu bekämpfen. Auch erleben viele Endosisters Darmprobleme aka einen Reizdarm*. Ausserdem haben viele Menschen mit Endometriose eine immunsystem-verlinkte andere Krankheit. Es macht also durchwegs Sinn, sich bei Endometriose gut um das Immunsystem und den Darm zu kümmern.
*(Reizdarm ist ein Überbegriff für einen Darm, der aus irgendwelchen Gründen chronisch gereizt ist. Blähungen, Durchfall, Verstopfungen, etc. welche Darmkrankheit hinter einem Reizdarm steckt, gilt es herauszufinden).
Mein Erfahrungsbericht
Die Eliminierungsphase
Das einzige richtig kohlenhydratstarke Nahrungsmittel, das man während AIP essen kann, ist die Süsskartoffel. Not gonna lie. Die erste Woche habe ich viel zu wenig gegessen, weil ich a) zu wenig Lust auf das Essen hatte und b) zu schlecht vorbereitet war. Das habe ich dann in den übrigen Wochen viel besser hingekriegt. Ich lief nie ohne Tupperboxen rum, in denen irgendetwas AIP-konformes drin war und hatte richtige Food-Reserven in meinem Schrank im Büro. Ich stand gefühlt jeden Tag nur in der Küche, habe gekocht oder aufgeräumt. Und ich war ständig am Einkaufen. Man merkt gar nicht, wie viel man sich mit Nahrung beschäftigen muss, wenn man alles (!) selber zubereiten muss. Crazy.
Ich fühlte mich sehr schnell besser. Mein Gehirnnebel war komplett weg. Das erste Mal seit Jahren. Und mein Blähbauch war ebenfalls nicht mehr vorhanden. Das Gefühl war so unbeschreiblich toll, dass mir die "Diät" relativ einfach viel. Es gab immer wieder schwierige Momente, aber endlich einen normalen Bauch zu haben und klarer zu denken, war so unfassbar schön, dass ich diese Momente nur zu gerne durchstand.

Auf meine Periode wartete ich schon fast gespannt. Mit AIP angefangen hatte ich nämlich kurz nach meiner letzten Menstruation, somit hatte ich 3 Wochen AIP hinter mir, als mein neuer Zyklus begann. Und dann kam dann auch der Zyklustag eins, aber keine Schmerzen - bis am Abend. Da fing es langsam an. Und auch an Tag 2, war ich gezwungen, Schmerzmittel zu nehmen. ABER: Weniger als sonst und ab Tag 3 war ich schmerzfrei. What? Ich konnte es kaum glauben. Alles in allem habe ich während dieser Periode nur etwa 1/3 der üblichen Menge an Schmerzmitteln nehmen müssen. Es hat mich enorm angespornt, AIP weiter durchzuziehen, bis…
Die Wiedereinführungsphase
…zu dem Tag, an dem ich Mandeln wieder eingeführt habe. Ja, Mandeln stehen nicht zuoberst auf der Liste der klassischen AIP-Wiedereinführungsphase (hier ein guter Guide für die Wiedereinführungsphase), aber ich habe meine Mandelmilch einfach zu sehr vermisst. Ich habe über den Tag verteilt 3 x 3 Mandeln zu mir genommen (und natürlich sonst AIP-konform gegessen) und habe dann am Abend leicht meine Gelenke in den Fingern gespürt, habe dies aber gekonnt ignoriert. Am Tag danach habe ich dann Mandelmilch in meinen Matcha geschüttet und war sooo glücklich, endlich wieder meinen Mandelmilch-Matcha trinken zu können. Da ging’s dann aber langsam los. Der Brainfog war so stark zurück, dass ich dachte, ich werde richtig krank. Mein Immunsystem ist irgendwie zusammengebrochen. Mir war schwindlig, ich konnte mich kaum konzentrieren, hatte etwas Kopfschmerzen und war einfach unfassbar müde.
Es war so ein vertrautes Gefühl und gleichzeitig irgendwie neu (es ist seltsam zu spüren, wie man sich vor AIP immer gefühlt haben muss und dass das eigentlich nur ging, weil ich mich daran gewöhnt hatte). Meinem Darm ging es gut mit den Mandeln, aber mein Immunsystem sagte «adios». Ich habe dann noch zwei weitere Tage Mandeln gegessen und das Krankheitsgefühl blieb. Nach zwei Tagen Mandel-Abstinenz, ging es mir wieder besser. Ich musste also einsehen, dass Mandeln mein Immunsystem so stark triggern, dass ich sie wohl aus meinem Ernährungsplan streichen muss. Vielleicht habe ich etwas geweint. Vielleicht. ;-)
Dann habe ich Eigelb eingeführt, was total gut ging. Dann Eiweiss, dann Erdnüsse und dann Erbsen. Alles viel zu schnell und viel zu nah beieinander. Ich war einfach zu frustriert wegen den Mandeln und hatte auch keine Lust mehr auf diese restriktive Ernährung, denn wenn ein Lebensmittel nicht funktioniert, muss man wieder einige Tage stark aip-konform essen und erst dann das nächste Lebensmittel testen.
Aber so musste ich nochmals alles aufgeben und neu anfangen. Mit Eiweiss, weil ich endlich eine andere Proteinquelle als Fisch wollte. Und siehe da. Eiweiss bläht meinen Bauch ein wenig. Ich akzeptiere, dass Eier in grossen Mengen für mich nicht funktionieren.
Aber dann habe ich Erbsen wieder in meine Ernährung integriert. Am Tag 1 hatte ich leichte Blähungen, was ich dem Umstand zuschrieb, dass mein Darm wieder mehr arbeiten musste. Am Tag 2, geschah dasselbe wie bei den Mandeln. Immunsystem shut down. Toll.
The Breakdown
Und dann kam etwas anderes dazwischen. Meine mentale Gesundheit. Seit Monaten plagen mich mentale Probleme und kurz nach dem Erbsendesaster war ich an meinem Low Point angelangt. Ich musste deshalb AIP ab irgendeinem Punkt abbrechen.
Aber: Ich fühle mich körperlich so viel besser mit dieser Ernährung, dass ich es nicht komplett abbrechen wollte. Ich wollte unbedingt wieder diverser essen, Schokolade snacken, Freunde zum Essen treffen, usw. und mich aber gleichzeitig auch körperlich gut fühlen. Also musste ein Kompromiss her, denn die Einführungsphase könnte man noch Wochen oder sogar Monate durchziehen.
Mein Kompromiss: Ich esse wieder fast alle Gewürze (Chili habe ich separat getestet, weil da viele stark drauf reagieren. Ich hab’s zum Glück vertragen), lasse aber für den Moment die Finger von Mandeln, Gluten, und Industriezucker. Ich werde Nachtschattengewächse, Kartoffeln, Reis und Co. langsam und nacheinander testen.
Mein Fazit
Würde ich AIP wieder machen?
Ja. Weil’s mir so viel besser ging und ich sehr viel gelernt habe und auch mitnehmen kann. Mir war z.B. nicht bewusst, dass ich viel zu wenig Gemüse und Früchte ass und viel zu viele Kohlenhydrate. Diese Ernährung mag für andere super funktionieren. Für mich, meine Krankheit und meinen Darm ist das aber nicht ideal. Ausserdem koche ich immer noch alles fast AIP-konform. Das heisst, ich esse zu 80% AIP-konform, bzw. inkl. denen Lebensmitteln, die mein Körper gut verträgt.
Und nein. Es war für mich sozial schon sehr isolierend, mich so zu ernähren. Und es kann sich definitiv auf das Gemüt auswirken. Nicht sehr förderlich, wenn man mental eh schon am Anschlag ist und das sind vielleicht einige, die Endometriose oder eine sonstige immun-system-verlinkte Krankheit haben. Lass dich gut begleiten, auch von Fachpersonen.
Meine Tipps
1. Koche grosse Mengen vor – und zwar Süsskartoffeln und Gemüse. Schau, dass du immer etwas im Kühlschrank auf Lager hast.
2. Wer wie ich, stark auf Kohlgemüse bläht, lässt auch dies weg (low fodmap).
3. Zwiebeln- und Knoblauchpulver sind oft verträglicher als richtige Zwiebeln und Knoblauch.
4. Ersetze Schokoladenpulver mit Carobpulver (findet man mittlerweile fast überall, vor allem in Läden wie Alnatura und Co).
5. Gehe in einen asiatischen Lebensmittelladen und kaufe Süsskartoffel-Nudeln. Game Changer!
6. Informiere deinen Familien- und Freund:innenkreis und schaue, dass die ersten 2 Monate keine grossen sozialen Events stattfinden oder solche, bei denen du dein eigenes essen nicht mitbringen kannst (z.B. Picknick mit Freunden, anstatt Restaurantbesuch).
7. Lasse dir bei der Einführungsphase pro Nahrungsmittel genügend Zeit.
8. Mir hat der Gedanke geholfen, dass ich AIP nur ein einziges Mal machen möchte und es darum jetzt richtig durchziehe.
9. Iss genügend Proteine. Ich habe vor AIP selten Fisch und gar kein Fleisch gegessen (bis auf die selbstgemachte Knochenbrühe). Da man keine Hülsenfrüchte und Soja essen kann, blieben Fisch und Meeresfrüchte meine einzigen Proteinquellen. Ich habe es täglich 1-2 Mal gegessen und werde Fisch definitiv auch weiterhin Teil meiner Ernährung lassen. Sie enthalten viel Omega 3, was Entzündungen entgegenwirkt.
10. Frage eine Freundin, ob sie dich unterstüzt, das heisst, dich ab und zu fragt, wie’s läuft, ob ihr mal einen Tee zusammen trinken wollt, etc. Ich hatte Glück und eine meiner engsten Freundinnen hat mich fast täglich gefragt, wie’s mir geht.
Links und Rezepte
Diese Nudeln waren meine Rettung (man findet sie in Asia Stores).

besteht aus Süsskartoffelstärke und findet man in Asia Stores. Jedes Mal, wenn ich Lebensmittel einkaufen ging, habe ich diesen Maronen-Snack gekauft. Hat mich oft gerettet.
Bei Koro Schweiz (not sponsored haha) findest du Erdmandelmehl und -flocken. Lebensretter für z.B. dieses Bananenbrot, oder ein Müsli. Und: Aus den Erdmandelflocken habe ich auch immer meine Milch gemacht.
Mache Carob-Fake-Schokolade! Not gonna lie, Carob schmeckt schon sehr anders als Schokolade, aber glaube mir, wenn du knietief in der Eliminierungsphase steckst, dann findest du das sicher super.

das genannte Bananenbrot mit Carob-"Schokolade" o nehme 2 EL Kokosöl und schmelze es
o dann füge 2 EL Carobpulver hinzu
o und 1 EL Ahornsirup (und evt. etwas Salz)
o vermenge es
Du kannst es über getoastetes Bananenbrot träufeln oder in kleine Formen giessen und in den Kühlschrank stellen, damit es aushärtet und du eine Art Fake-Schokostückchen hast.
Update von 2 Monaten nach AIP
Mandeln, sogar in kleinsten Mengen triggern mein Immunsystem noch immer stark. Ich habe es wieder und wieder versucht, weil ich Mandeln liebe, aber leider jedes Mal dieselbe Erfahrung gemacht: Schwindel, Gehirnnebel, Müdigkeit, etc. Ich kann es mir bis heute nicht erklären, habe es in keinem Erfahrungsbericht gelesen und vertrage andere Nüsse gut. Aber ich vertraue meinem Körper und verzichte nun darauf.
Wenn ich wichtige Termine habe, schaue ich, dass ich mich 1-2 Tage vorher komplett AIP-konform ernähre. Ansonsten habe ich meine Ernährung wieder gelockert, merke aber besser, was mir guttut und was nicht. Ich würde AIP wieder machen, aber besser begleitet von Ernährungspsycholog:innen oder Ernährungsberater:innen.
Hast du AIP ebenfalls ausprobiert oder möchtest du es versuchen? Schreibe gerne dein Feedback, deine Inputs oder Fragen in die Kommentare.




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